第二次大崩坏就此结束。
逐火之蛾战斗小队打败了第二律者，仅存的痕和爱莉希雅成了拯救世界的大英雄。
梅比乌斯对回收的第二律者核心进行研究，但现有技术却无法破开核心外的晶状体。
于是梅比乌斯将第二律者核心和第一律者核心一同存放起来，转头开始研究起必须提上日程的「崩坏能驱动武器」。
同时，梅比乌斯发现了mei发布的有关量子纠缠的论文学说。对mei抛出了橄榄枝，mei没有拒绝也没有直接同意。
在这段时间，爱莉希雅抓到了一只暗中调查逐火之蛾的小老鼠。
一个以表演魔术为名来盗取观众的财物，却因为狡诈无比 屡次逃脱了警察抓捕的着名魔术师、欺诈师的师维尔薇。
维尔薇觉得第一次大崩坏的实际情况与官方对外宣布的情况完全不同，于是对其进行不断调查。
没多久就将目标锁定在了在第一第二次大崩坏现场活跃的逐火之蛾身上，多次怀疑是逐火之蛾进行着什么危险的生化实验。
第二次崩坏之后，维尔薇通过跟踪逐火之蛾回收战场的特派机，追查到了逐火之蛾的所在地。
但可惜，维尔薇混进逐火之蛾还没多久……
就被爱莉希雅抓了。
在几年前，九霄和爱莉希雅环游世界就遇到过维尔薇举行豪华魔术表演。
然后九霄和爱莉做为看表演的观众，和其他人一样，被维尔薇以表演魔术为理由，将钱财放在了维尔薇的小机器人助手那。
结果维尔薇拿了钱，就给所有人表演了一个大变活人，直接卷钱跑路了。
好巧不巧，维尔薇伪装的员工直接遇到了路过的爱莉希雅。
被骗了晚餐钱的小爱莉可是对维尔薇印象非常深刻，当场就把出师未捷身先死的维尔薇抓了起来。
上面的人看中了维尔薇被缴纳的机器人，觉得维尔薇十分有能力。于是将她流放到了一座孤岛之上，告诉她只要能造出一个令人满意的监狱，就告诉她所有的真相。
然后维尔薇还真就准备开始造一座大监狱，并叫嚣着让所有人等着监狱完工，然后心服口服地拜倒在她的天才头脑之下。
维尔薇只是一个小插曲，另一则事就是逐火之蛾的战力严重不足，对抗崩坏的伤亡远远大于纳新的人数。
在这矛盾之下，有些人还开始畏惧起了从第二次崩坏中成功讨伐了第二律者的爱莉希雅和痕。
他们将自己暗中培养 进行一些见不得人的政治暗杀的杀手组织整合到了一起，开始防备起逐火之蛾的那些战士们……其名为「毒蛹」。
逐火之蛾的领导人，mei的父亲对他们这种几乎“要怕我们很怕你”这几个字写在脸上的人十分厌恶。但他不知道，毒蛹组织上的暗杀名单上，他的名字位居榜首……
没人不害怕逐火之蛾的战士，同样，也没人不想拥有逐火之蛾这样的手下。
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第二次崩坏之后，除了黑暗的地下的暗中波涛汹涌，上面光明的世界再次恢复了和平的日常。
大家都过着和往常一样的生活。
除了笨手笨脚，啥也做不好的琪琳。
让她拖个地，她能越拖越脏，木质地板都快被水给泡松软起来。
洗个碗，摔碎碗就算了，为什么能把锅都给洗不见了！
做错事也不知道害臊，锅都没了还笑的贼开心。尤其是去饭店吃饭，那一脸幸福和为自己感到欣慰的表情。
九霄都想不明白到底是她不想再洗碗了，还是因为不想吃到九霄做的饭！
甚至听说，mei还跟凯文说了她老师不会做饭，所以凯文特意去学了做饭，每天给mei带盒饭吃。
而在这段时间里，九霄也逐渐搞明白了一些事情……
比如自己的头发为什么会由紫红转变为红……
铃为什么会觉得自己很亲近想要靠近自己……
时间是一条一往无前的隧道，不容反抗地推着任何事物朝着前方前进。
如果想要逆时而走…那么必须要承担起时间在其身上倒退了的痕迹。
九霄与天启和圣痕琪亚娜她们推测 ，九霄是从五万年后来到了五万年前，属于是在崩坏3的时间线上逆序而走了五万年。
所以他身上的时间也随着他在前文明停留的越久而逐步倒退……
九霄的时间不存于五万年前，并且他却因为某些特性而拥有独立于时间线之外的能力。
而发色，就是提醒着九霄自身所处的时间正在那个阶段……
头发越红，则表明他所在的时间于他第一次出现在崩坏3世界时间的过去。头发越紫，则说明他所在的时间越是往后……紫红相间则是现文明的那个时间……
但这个结论是以九霄第一次出现崩坏3世界的时间为基础，要对于其他世界则需要重新按照九霄第一次出现的时间来推断……
九霄在得到结论的时候，想到了另一个让他有些懊恼的问题。
爱莉希雅的发色如果是九霄和琪亚娜的基因结合而出