神奥地区的一处港口，一艘自关东出发即将到达目的地的船只，正在时刻准备着靠边停船的动作。
在海平面上，飞翔着的一只只姆克儿与姆克鸟，这样的景象，无不在映照着神奥地区其神奇宝贝的特色。
随着游轮顺利靠岸，一位留着褐色头发的青少年缓缓走下了甲板。
“神奥地区，总算是到了。”大木鹤微微一笑，拿出地图朝着真砂镇走去。
这次的神奥之行，大木鹤总共就带了耿鬼、代欧奇希斯、金属怪和赫拉克罗斯等四只精灵。
而之所以要先去真砂镇，是因为临行前老爷子教代了大木鹤，让他替自己去拜访一下学术界的前辈——山梨博士。
就在大木鹤前往真砂镇的途中，一位骑着自行车的女孩，也从家乡双叶镇出发向真砂镇疾驰而去。
而在距离港口的数十海里外，一位带着皮卡丘的少年，搭乘的游轮也在不断靠近神奥地区。
“皮卡丘，我们就快到神奥地区了。阿鹤那个家伙，居然不等我就跑来了。这次的联盟大会，我们一定不能输给他哦！”
带着皮卡丘的少年，自然是小智了。自从得到了代欧奇希斯，觉醒了波导之力后，让他的自信心变得更加地爆棚了。
“皮卡皮卡～”（傻多喜，我知道了。）
另一边，下了游轮的大木鹤花了三个小时的步行时间，总算是来到了位于真砂镇山梨研究所。
“叮咚～”
“咔嚓！”
“请问你是新人训练家嘛！”开门的，是山梨博士的一位助手。
不过当他看到大木鹤时，有些疑惑地询问道。
“哦！你误会了。我是来自关都真新镇的大木鹤，受大木博士所托来拜访山梨博士的。”
“原来是这样啊！山梨博士眼下不在研究所里。不过他有来电，明确了今天会回到研究所里。你要是不急的话，可以在研究所里等待一下。”
“谢谢，那就麻烦你们了。”
大木鹤道谢后，就跟随博士助手进入了研究所。
在这里，大木鹤看到了神奥地区，新人训练家挑选的御三家。
顽皮好动的小火焰猴，个性骄傲的波加曼，以及性格敦实的草苗龟。三只性格各异的精灵，看到大木鹤这个陌生人后，表现出的态度也不尽相同。
小火焰猴的好奇，波加曼的自信（它把大木鹤，当成新人训练家了。）草苗龟的平静（迟钝）。
虽然大木鹤也很想拥有它们，但一想到这些精灵都是有主之物，大木鹤便放弃了心中的想法。
不过现在不行，不代表之后自己的旅行时，不会碰到野生的御三家。
时间缓慢流逝，中午大木鹤是在研究所内吃的。
但在新人御三家吃饭时，现场的小火焰猴与波加曼发生了冲突。
原因就是，小火焰猴在吃掉了自己的食物后，又将魔'抓伸进了波加曼的食盒里。
然后，本就水火不容的两只精灵。加上小火焰猴的挑衅，使得发火的波加曼对着小火焰猴发动了攻击。
“咯咯～”（没打着、没打着。）小火焰猴灵敏地躲过了攻击，顺便再次挑拨着波加曼的神经。
失去了理智的波加曼，开始进行无差别的攻击。
资料、书籍、以及其他物品，扔的地上都是。
而小火焰猴在挑衅了一下波加曼后，就飞身离开了研究所。
怒气冲天的波加曼，自然也是连忙跟了上去。
“这下遭了啊！研究所里的东西都乱掉了，
“咔嚓。”
“什么遭了啊！”研究所大门被人打开，一位头发花白的老者，带着一位少女走进了研究所。