公元2015年。
城市被水淹没，表面平静的水下，有巨大的潜行物游动……
道路上，坦克装甲整装待发，整个城市几乎空无一人。全体广播下达紧急事态通告，敦促附近的居民尽快到达指定避难所避难。
碇真嗣在故障的电话前苦恼无比，他与前来接应的葛城美里失去了联系。
只一侧身，空旷的马路上一闪而过一个少女的身影，又迅速消失。
不等真嗣细想，一阵爆炸惊动，远处的山后走出一只庞然巨物。鼓声响起，标题霸屏——
【使徒，袭来】
这巨物近似人形，腰窄肩宽，他行动缓慢，人类的一切武器都对他无效，力量与压迫感十足。
街道上的真嗣也差点被爆炸波及。
关键时刻，葛城美里及时赶到，迅速带他上车远离现场。
彼时的监控战况的军队高层都急疯了，空军的战力根本无法阻止使徒前进，投入的所有炮火兵力全部无效，伤不了使徒分毫。
这“长臂”使徒一爪捏爆导弹，却在引发的大爆炸下毫发无伤前行……
这一切，仿佛都在一个双手托腮、眼镜反光男人的预料之下，他与身后的白发老头讨论着。
“果然是AT力场……”
“是，普通的武器对使徒完全不起作用。”
接下来的剧情同样展现了人类武器的无力，军方即便投入了联合国最强武器——N2地雷。也依旧不起作用。
随着一声大爆炸，光柱冲天，激起两圈环形云层，一片红光。
爆炸造成的冲击气流吹翻了车辆，索幸真嗣二人没有大碍。
监控中心，人们都自信使徒会被消灭，然而等监控画面恢复后，使徒的身影却在红光中屹立不倒，被打烂的部分甚至进化出了第二个头颅！全体军方目瞪口呆。
“……”
截止目前，川口幸平依然觉得有些老套，怪物无惧人类武器是常见设定嘛！
不过这怪物倒是有些特别……
使徒那仿佛会呼气的“鳃”一张一合，三小只还看不懂这是什么，只觉得邪门无比……
剧中人物还分析，使徒不但能自我修复，好像还拥有智慧。他竟主动发射十字光，破坏了人类的监控。
在这样紧急的情况下还能放肆玩笑的葛城美里，驱车将真嗣带回基地。
从剧情谈话中可以得知，刚才的眼睛反光男人正是真嗣的父亲碇源堂，他也是Nerv组织的总司令。
而真嗣却对此并不知情。
“咦……主角不知道自己的任务吗？”
“为什么不是从训练学校开始？战队在哪里？光能道具在哪里？”
“连父亲的工作都不知道？”
“没管过他吧……”
奈绪和武内一人一句讨论着，他们有些看不懂了。
川口幸平看电视的姿势渐渐变化，他看的越发入神……
这动画……怎么不按套路出牌？
而且主角和他爸爸的关系…简直就像……
……
另一边，联合国高层束手无策，终于决定作战指挥权交给那个阴沉眼镜大叔——碇司令。
他决定出动初号机。
“要来了！”
幸平迫不及待要看机器人出动迎战！
在美里的带领下，真嗣顺利来到Nerv组织地下基地。
随着传送带向下，地下基地展露全貌。
金光自地面透下，在地下湖泊熠熠生辉，建筑仿佛倒立于地底，传送带就像蛛丝一般穿插其间。
“好壮观！”
三人组几乎是和真嗣一齐发出感叹，接着是基地地底的巨大金字塔，他们被这样的城市设计震撼不已。
真嗣与美里一路向下。
路上，他们遇到了一头金色短发的赤木律子博士，她出场时的泳装与白大褂的搭配令奈绪等人疑惑不已，不过还蛮性感的。
从谈话中得知，真嗣被突然叫过来，是因为他是被选出的【第三适合者】。
而且，初号机一次也没有被用过，启动几率是0.000000001%。
真嗣还没明白什么意思，就被带到了一座暗室，随着机器门自动关闭，环境一片漆黑。
“那、那个，好黑啊……”
劈咔——！！
灯光亮起，初号机巨大的脸突现在真嗣身前，吓了一跳。
“！！！”
这一幕简直与夕阳下的那一晚如出一辙，同样震撼。
川口幸平三人立刻坐直了身子，目不转睛。
“脸……？
巨大的…机器人……？”
真嗣怔怔地看着初号机，接着翻看说明手册。
赤木律子笑着说道：“不用看了，这是机密
这是由人类制造的，终极泛用人型决战兵器，人造人——
【EVANGELION】。”
——这就是能对抗使徒的秘密武器，人类最后的王牌。
真嗣面对此情此景，完全不知所措。
他的父亲——碇源堂司令居高临下地俯视着儿子，说出了：“出击。”
这气氛无比