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Nerv组织中心控制指挥厅。
真嗣坐在驾驶舱中与中控部门正面对峙，场面一片肃穆。
“初号机的联动回路被切断了。”
“插入栓被锁住，不接收信号！”
“……！”
“真嗣，不那样做的话，你已经被杀了。”
“别说那种会更让我生气的话。”
距离初号机制动时间还剩185秒--
真嗣开口，语气里已是极端愤怒，克制着警告与威胁在场的所有人：
“我至少能把总部毁掉一半。”
无论如何说服，都不能劝阻此时的他。
手攥紧拳头击下、止不住地颤抖，真嗣无法原谅，无法原谅那个将他当成刽子手的父亲、那个被当成工具的自己、无力拯救冬二的自己！
……
面对真嗣的厉声质问，碇源堂没有任何回应。
他下令的声音依旧低沉、冰冷。
“把LCL压缩浓度提高到极限，我没空陪小孩子折腾。”
驾驶舱灯光熄灭，真嗣瞬间窒息于不甘之中。
……
第二天，组织正回收三号机的遗骸、周边满目疮痍，血与肉的交杂看得人触目惊心。
美里和律子从伤情中恢复过来，自责败给了真嗣……
“这一次…说不定真的不行了呢……”
大家都明白，这次事件过后，真嗣就再也不会驾驶EVA了……
医务室的场景，总是像蒙上了一层白雾，一切物体都失去了原有的色彩，总是泛着苍茫的浅青色，毫无生命的气息……
昏迷许久的铃原冬二终于苏醒。
侧头一看，真嗣就躺在旁边的床上，回头望向这陌生的天花板，无力地闭上眼睛，再度陷入了沉睡……
铛——铛——铛——铛——
列车声响。
冬二感觉自己再次醒来，这一次，他身处一节夕阳下的车厢中。
而真嗣与绫波竟然就在隔壁，他们竟然出现在了真嗣的濒死幻觉中。
车厢、意识流的情景、第四集时真嗣出逃的地方。
在这里、在那时，一个人逃避和独处的时候，或许也是对自己的拷问最严厉的时候……
“碇君，为什么要这么做？”
绫波丽居然发问了。
而真嗣也竟然真的与她继续着对话。
“好不容易才能与他说上话，可他却背叛我，不愿了解我的心情！”
“碇君……试着了解过父亲的心情吗？”
“试过啊！”
“那现在为什么不试着去了解呢？”
“我已经试过了！”
“……”
冬二无法理解。
醒来后，冬二看到的第一个人，是爱慕自己的少女。
真嗣先行办理出院手续了。这边的两人约好一定能吃到她亲手做的便当。
虽然失去了一条腿，但冬二并没有颓废，他拜托班长转告妹妹一声，我很好。
……
“咔嗒”一声。
青白色的光打下，将监狱门网的阴影投射在真嗣脸上，幽禁着的真嗣被勒令去见总司令。
血红的总司令办公厅，真嗣戴着三层手铐。
对于无视命令，私占EVA、并做出威胁行动三项严重犯罪行为，真嗣毫无辩解之意，坚定地表示了自己的态度。
“我不会再驾驶EVA。”
“那就滚出去。”
碇源堂又在像第一次逼迫驾驶EVA时那样施压。
“是。”
这一次，真嗣回复得干脆爽利，说完话转头就要离开。
碇源堂很失望：
“又在逃避吗？我对你很失望，不想再见到你。”
“是，正合我意。”
真嗣又何尝不失望？
这一次，父子彻底决裂。
真嗣的身份资料被消除，跟所有有关人等断绝一切联系。
空无一人的车站，只有美里前来送行。
美里告诉他，EVA的驾驶员候补人选全都是真嗣的同学，这是加持此前提醒美里调查代号707的学校后得到的结果，所谓的马尔杜克机关也是不存在的。
临行前，美里还是说出了那句自私的话。
“真嗣，我把自己的梦想、愿望还有目的全部都赌在了你的身上。
我也知道这会成为你沉重的负担。可是我们Nerv的所有人，只能把未来寄托在你身上。
请你至少记住这一点……”
恼人的蝉鸣声中，真嗣平静回道：“还真是自私啊。”
“这一点我知道……”
真嗣去意已决，已经没有任何话语和手段能让他回头了。
不知过了多久，真嗣还在车站等待，蝉鸣声不断，突然，警报声与广播声响起，真嗣怔怔得望向天空。
“使徒来了……！”
……
总部全员开始战斗。
二号机直接部署在地下城市阻击使徒，阻止其入侵总部设施。
绫波丽驾驶初号机，同时准备傀儡插入栓作为备用，初号机却拒绝神经链接；