……就连该剧的美国配音演员承认，他们也很难理解该剧的结局。
总之，一场辩论在日本全国范围内展开了，并逐渐延伸至海外。
死宅、现充、工作族、学生党、业内外、海内外，几乎同时卷入了这场舆论风暴之中，针对这个实验性的跳脱故事的最终话各自发表观点。
《EVA》全剧都成为了激烈讨论的话题，评价呈现两极分化。
对于这部作品，观众有着许许多多的解读。
一类认为剧情“深刻”，另一类则认为剧情“表面意义大于实际意义”，缺乏故事情节，难以理解，并且为感到被出卖而极为不满。
其中，一篇《Animage》动画杂志上的批评算是写得有理有据，它完全没有插入“御宅族”与“两代人”等社会议题，而是从作品本身出发的，这篇文章也成了批评类文章里最受支持的。
它的作者不是仍在观望的重视社会派视角的西川凛月，而是同样作为创作者的虚渊玹！
这次秦珍可真是有点伤他心了……
他认为这个结局，是对前期优秀制作的背叛！
虚渊玹举例了五点，其中最首要的一点是，作为一名作者，他永远认为，做一个文化作品最重要的就是去展现内容。
内容是永恒的核心！作品要通过内容来表达作品的主题、唤起观众的情感。
《EVA》的结尾完全背弃了这个原则，他背叛、割舍、抛弃了前面20集亲手建构的故事逻辑和剧情框架，转而进行一个意识流化的、电波的抽象性表达。
前期的大量“世界之谜”的伏笔完全没有解释，剧情与设定都有着极大的不完整。
结局只针对主角的补完，那其他人呢？她们被塑造地如此立体真实，结果就只是在主角的心声里做心灵导师吗？
我在看什么？临床精神分析案例吗？意识流小说吗？精神导师说教吗？
观众不需要作者的说教，更何况，这样的说教本身就是无力的。
这就要说到第二点，作为作品立意的主旨解放性不足！
只是“与自己和解”，能解决错综复杂的实际问题吗？不能！
虚渊玹认为所谓的【人类补完】的形式于现实世界是不痛不痒、不切实际的，要是人们光靠读几个【拉康镜像】之类精神分析理论就能被治愈的话，那全世界的心理医生都别干了，实际的社会矛盾也都不需要解决了。
正因为不能，才更不应该仅强调心理问题这一点，因为这更会加深社会受难者们的自责！
死宅们感受到的“被背叛”也是由来于此。
他们不仅没有被这个结局治愈，而且还从中得出了一种指责：那就是你这么绝望，不愿意面对这个世界，都是因为你有性格或心理上的缺陷。
《EVA》此前一直站在真嗣的立场来描述世界，结局却站在了真嗣父亲的立场劝真嗣回头！
那他人给自己带来的那些真实的伤痛呢？就这么过去了吗？
那些伤害他人的人就无需负责吗？！
日本动画苦此观念久矣！
最后批判的，是制作组的态度。
《EVA》前期给观众讲述的故事是直接的、具体的，最后关头却反而要用迷惑的、意识流的形式来让观众困惑。
难道作者真的江郎才尽，不惜毁灭作品构架的完整性也要向全体观众说教吗？
整个制作组居然没有任何人阻止，就这么把这样的半成品端上来了？！
这根本不是一个负责任的成熟创作者应有的态度！
“没错！”
“这就是一个靠卖设定集填坑，正片却在故弄玄虚的残次品！”
“都是一些狂热粉丝在无脑吹，硬生生把一部佳作吹成了所谓神作——你敢说出它有问题，那就是你不行，你不懂，可把我恶心坏了！”
“最后两集特别无聊全是废话。”
“这个结局坐实了碇真嗣是真的没用，从头到尾被人利用就算了，自己也都是各种迷惑操作，从内到外都是垃圾！结局居然还只是纠结他的个人问题，很难想象能共情的都是什么人！”
“说得好！铺垫那么多，以为有一场惊天大战，所有角色各得其所。结果却只是在故弄玄虚而已！”
“这个结局就不是给精神正常人格健全的人看的。”
虚渊玹的文章引起了黑粉的热烈反响，纷纷在信件、论坛中表示支持。
新海成看完后则持保留态度，因为感情流的他是真的投入了情感，并因头一次看到这么惊人的人物心理表现而震惊不已。
社会派的东皓纪则很快投了自己的稿子，从社会学和小说家的视角去评述。
除了社会心理的研究分析外，他指明最终两集是类似后设小说的二重性所表现出的批判和自省，并且认为《EVA》在某种意义上是1980年代日本动画的完成形态。
西川凛月也作为《Animage》动画杂志撰稿人，发表了完全不同的观点。
她认为结局的大胆创新是惊艳的，作者们应该勇于探索创新，如果一位作者有最想表达的东西，那么他完全有权利以自己想要的方式呈现。