失去了生命意志的真嗣，在被SEELE突击小队找到即将杀害时也不为所动，好在美里及时杀出，三下五除二将对手全部解决，美里要带真嗣登上初号机，直面这场与人类的最终决战。
“什么都不做的话就只有死路一条！”
然而少年只是蜷缩着，嘴中不停的念叨“救救我”、“救救我明日香”。
“一碰到这种时候就想着去依靠女孩子，想着逃避、敷衍了事、半途而废，这样最差劲了！”
“就是啊！”
“快去吧！”
影院里突然有人大喊起哄，说出了观众们的心声。
然而这些有没有用，这时的真嗣就像一滩烂泥，连拖都拖不起来。
“……我想死。
我什么都不想做。”
“你在说什么啊？你不是还好好的活着吗？那就好好活下去，活够了再死！”
美里的劝导毫无用处，敌人的攻势从不间断，就在这时，天空中投下一枚N2炸弹，整个人工湖都被炸开了一个巨大天坑。
整个地下都市仿佛被揭开了皮的柿子，表层展露无遗。
坑外的蓝天之上，爆弹就像雨点般齐齐投落，这番阵仗简直是要把全球的经济预算耗尽，丝毫不顾此前对Nerv的嘲讽了。
毕竟，他们本来就做好了全人类肉身灭绝的准备。
在地下，美里对真嗣说出了真相。
——他们真正的目的，是想引发第三次冲击，不是利用使徒，而是靠EVA。
15年前的第二次冲击也是人类所策划的，在那时，高层通过对《死海文书》的预言解读，知道了使徒会到来，却不知它们从何而来、如何防守。
于是人类寄希望于南极团队，要在其他使徒觉醒前，通过将亚当还原成卵，将损害减小到最低。
然而真实情况已经呈现，人类方失败了，死伤惨重，地球进入末日时代，使徒在冲击中飞散，并将“如约”于15年后袭来。
亚当的灵魂被SEELE秘密掌控，附于人类的肉身造就了第17使徒——渚薰。
而面对他剩下的肉身，人类选择了再造神明——也就是EVA。
神的肉身、人的灵魂，附上最不可撼动的人类情感——母爱，作为决定性的驾驶员操纵关联，人们期望这样就能与神的使者对抗。
“……原来如此。”
影院里，众人连连称奇，之前的种种猜测瞬间得到了证实。
“真嗣，我们其实跟使徒一样，使徒是由亚当孕育的巨大纯粹的单一生命体，而人类是被称为莉莉丝的生命之源所孕育出来的，可称作第18使徒。
亚当的后代与莉莉丝的后代，人类与使徒……只能互相排斥，在地球上，二者只能存一……”
EVA都是用使徒的肉体构成，严格来说就是使徒，而现在使徒都被消灭，所有的EVA就成为了最后的敌人。
SEELE与碇源堂都想利用最后的“神”成就自己的计划，因此才爆发了决战。
“听好了真嗣，你要把所有的EVA量产机全部消灭，想活下去就只有这条路！”美里对真嗣嘱咐道。
可真嗣听了一切真相后，仍没有任何反应。
世界毁灭正是他的愿望……
……
基地外，战争还在持续，地底人工湖中的明日香爆炸中惊醒。
湖上炮弹接连不绝，一次次冲击着二号机和明日香。
明日香无助地蜷缩在驾驶舱内，本能的细声呼救……
“我不想死…”
“我不想死…”
“我不想死…”
“希望你活着。”
“我不想死…”
“希望你活着。”
“不会让它们杀了你……”
“我不想死…”
“不会让它们杀了你……”
冥冥中，有另一个声音出现，与明日香对话，驱散她的恐惧，坚定而温柔。
“明日香，希望你活着……”
“不要死！”
一瞬间，母亲死后干枯的躯体如噩梦般降临，而下一秒，一股精神力量的光明照亮了一切，驱散了梦魇！
神圣的乐曲响起，光芒中，明日想的母亲在向她伸出双手，迎接女儿的拥抱。
那是明日香缺失的母爱，是她从未感受过却一直独属于她的那份爱！
“妈妈、原来你在这里！”
小小的明日香向那片光芒伸出了手，她终于感受到了，她终于明白了！
那一刻，人工湖上亮起一道巨大的十字光，那是EVA二号机力量的全面爆发！
明日香获取了生命之力量！
原来妈妈一直没有离开她，而是以另一种近似灵魂的状态存在于二号机中守护着自己、注视着自己，原来妈妈真的深爱着她！
在这份爱的力量下，她重获新生，一扫往日的阴霾，在高度协同下与“母亲”并肩作战。
二号机在枪林弹雨间闪转腾挪，脚踢飞机，脸接导弹，人类的武器在烈火中燃尽，EVA却安然无恙，实乃真正的“人造使徒”！
于是，SEELE派出EVA量产机行动了。