“……”
“冬月博士…为什么是绑架他呢？”
“SEELE组织要通过他调查碇司令和当初EVA构造的细节。”
“这样……”
小笠原安静了下来，她对冬月副司令的印象不是很深，只记得他瘦削、严肃、白头，总是站在碇司令身后。
看起来他是碇司令的铁杆同僚，可实际上，他似乎察觉到了碇司令另有阴谋，却又从不上报，对碇源堂的诸多决定也颇有微词，是个难以捉摸的大人。
仔细一想，Nerv中亲身经历过【第二次冲击】的上一代人里，除了碇司令以外确实只有他了。
这时，剧情回到了冬月博士的回忆，时间来到1999年的京都。
那时的冬月副司令在京都大学担任副教授，水准高超却常常忽视人际交往，在新来的学生中，有一位百年难得一遇的生物学天才，碇唯。
“啊！”
碇唯平静的出场了，只是这一瞬间，小笠原就猜到了什么。
与绫波丽相似的短发，同样温柔轻和的声音，以及……与真嗣回忆中那个女人相似的身形……观众都该猜到了；
她就是主角碇真嗣的母亲。
不过为什么她和绫波丽会如此相像？加上司令那么关心绫波，难道真的是母女吗？
带着疑惑，她继续往下看……
很快，碇源堂以一种不大光彩的形式出场了。
像个街溜子一样，六分仪源堂闯入了他的人生，他一出场居然就是让老师从拘留所把酗酒打架的自己接出来，并且一脸的理所当然、不知悔改。
冬月对他的第一印象就是“令人厌恶的男人”。
然而令人意想不到的是，就是这样一个男人，竟然和优等生碇唯在一起了。
冬月露出了自嘲的冷笑……
当时所有人，包括东月自己都认为六分仪的目的，是为了得到唯的才能，以及接近她背后的某个组织——SEELE。
2000年，第二次冲击发生；
2001年，第二次冲击让世界变成了人间炼狱，世界只剩下了夏天这一个季节。
冬月副司令离开了京都的学校，在乡野间一人经营一家小诊所，苟全性命于乱世，联合国代表经过多方打听，在杂乱的小屋中找到了他。
是某个人期望他回到组织效力。
由于探索对【第二次冲击】真相的执念，冬月前往南极，同时再次遇见了那个男人，碇源堂。
是的，他已经和碇唯结婚并随妻子改了姓。
碇源堂原本也加入了葛城调查队，可在发生冲击的前一天，十分幸运的回到了日本，这才躲过了一劫。
且碇唯原本也是要参加这次南极之旅的，但突然有了身孕便在家养胎。
“……”小笠原觉得这实在是太令人怀疑了。
这男人或许是早就预料到了什么……
碇源堂这时，已经加入了那个叫SEELE的组织，从他和冬月的对话中能听出，这个组织手段并不光明，实际上，碇源堂就是为了应付联合国对SEELE的怀疑，才会邀请冬月这样的外人加入。
这样互相间明晃晃的利用，二人皆心知肚明。
2002年，他们遇见了葛城美里。
她是在第二次冲击中唯一活下来的幸存者，是葛城博士的千金。
因为精神冲击，美里患上了失语症。
与此同时，冬月博士对【第二次冲击】的真相仍在调查当中。
大气成分的变化被完美限制在固定区域，所有生命包括微生物全部消失，爆炸的中心产生了地下空洞。
最诡异的是那个发光的巨人，联合国将爆炸定义为陨石撞击，但明眼人都看得出来，是有人在刻意隐瞒真相。
调查结束后，东岳回到了研究所，并质问碇源堂是否一早就知道真相。
他刚好在冲击前一天返回日本，并且还带着所有资料，这真的是因为运气好吗？
同时，碇源堂名下的资产庞大异常，冬月已经无法信任组织，打算将SEELE和死海古卷的事公之于众。
碇源堂没有解释，只是带着冬月去了一个地方。
这是一个巨大的地下空间，有着与南极地下空洞一样的数据，而他们正打算在这里建设一个城市——即未来的第三新东京市。
来到地下基地内部，他们见到了一位故人，赤木直子。
“这位难道就是……”小笠原惊呼。
“是的，是律子的母亲。”
她正在研究的，正是日后掌控和维持整个城市运转的超级计算机系统——MAGI三贤人系统。
灯光打开，冬月看到了更难以想象的事物。
EVA，人类利用“亚当”所建造的东西，他们正在利用亚当的基因建造“零号机”。
人类，在捕捉神明的原型，妄图复制神明。
创造人类新的历史——如此震撼人心的诱惑，即使是冬月也无法抗拒……
2005年，葛城美里、赤木律子、加持良治在大学相遇。
时间回到2003，初号机启动实验前夕，冬月博士与带着小真嗣的碇唯，谈论起