了末日之事。
根据《死海古卷》的记载，在不久的将来，第三次冲击必定会发生。
组织就是为了阻止末日才存在的。
碇唯的话很有深意，她留在组织、自愿加入实验，似乎并不是为了这个世界，而是为了真嗣……
时间来到初号机实验的日子，碇唯把小真嗣带到了实验基地，想让儿子亲眼见证人类光明的未来。
那是碇唯说过的最后一句话。
在那天的实验中，碇唯彻底消失了，正如直子心中希冀的那般。
“……”
从各种奇异的镜头中，小笠原猜到了一些事……
从那以后，碇源堂好像换了一个人。
在莫名消失了一周后，碇源堂告诉冬月，他已经提议启动一项新计划——
【人类补完计划】
三年后，律子大学毕业，也加入了研究机构，她撞见了母亲与碇司令的关系……
又过了两年，碇源堂的身边多了一个有着蓝色短发的可爱女孩。
直子看着这个长得与碇唯几乎一模一样的孩子，惊慌不安，她试图寻找凌波丽的资料，却发现所有资料都被人为删除了。
不久后，MAGI完成了。
它是“三个直子”；
身为科学家的直子；身为女人的直子；身为母亲的直子……
也是在这一天，小绫波丽主动找到了赤木直子；
孩童的稚语是成人的镜子，绫波丽一声声的“老太婆”，终于让一直处于自我欺骗中的直子回到了现世。
碇源堂一直以来只是在利用她罢了。
绫波丽稚嫩的脖颈被手掌紧紧掐住……
赤木直子失去了理智，掐死了丽，并在之后自杀身亡。
“……”
小笠原看得心惊胆战……紧紧抱住身旁的伙伴。
这、这一集是什么啊？简直是恐怖片，是政治惊悚片！
大人们尽管维持着救世工作，却仍无法克制人性的阴暗，碇源堂、冬月、赤木直子、碇唯，各有秘辛，都不像正常人。
在阴谋与爱恨纠葛中扭曲不堪！
在这件事之后，组织也正式更名为Nerv。